8.х КА Отражение переплаты НДФЛ от налоговой

Насколько понял суть проблемы, излишне удержанный НДФЛ просто не удерживается при возникновении дохода в следующих месяцах.
При расчете работника по увольнению сумма излишне удержанного НДФЛ так же должна автоматически присоединится к основной сумме дохода.

У меня КА 1.1
Там в прошлом году возвраты от ИФНС проводила через прочее поступление безналичных денежных средств. http://prntscr.com/lgzu09. Вид операции "Прочие расчеты с контрагентами" не использовала. Счета при подстановке кликабельны разные. 68 в том числе.

Если возврат налоговая делает как "излишне уплаченную сумму", например, вместо 1000 руб. перечислили 10000 руб. из-за опечатки в платежке и обратно возвращаем 9000 руб. - это одно. Но может быть и ситуация, когда по конкретному работнику нужно ещё сделать перерасчет, в результате, которого образуется излишне уплаченный НДФЛ. Например, в случае, когда сотрудник обратился за имущественным или детским вычетом не с начала года.

Проводка по входящей платежке в любом случае должна быть как вы написали выше. Д 51 - К 68.
И не забудьте проверить ещё регистры. У меня в прошлом году были проблемы при заполнении КУДиР в контексте возвратов от ИФНС и инкассовых списаний, несмотря на то, что в проводках по БУ всё было верно.

Как ведёт себя КА 2.4 - не в курсе.