8.х БП Дайте совет как вести учет

Добрый день есть программа для аптек называется КФС (Клиент Фармацевтической Сети)
в ней ведутся поступления продажи возврата и т.д. в разрезе серий номенклатуры и сроков годности

Нужно сделать выгрузку в 1с бухгалтерия но в бухгалтерии нет учета по сериям и как быть я не представляю
естественно из за серий цены на товар разные это и не партионный учет и не по средней естественно торговая наценка считаться будет неправильно если просто выгрузить без серий
Как мне поступить правильно чтоб все сошлось?

Кому нужно?
Для чего нужна выгрузка в БП 3.0, в которой функционал учета по сериям отсутствует, а не в конфигурацию , где он есть?
Что именно и как "все сошлось?"?

выгрузка нужна бухгалтерам перейти от ручного учета на 1с Бухгалтерию
в программе КФС ведутся продажи, возвраты, списания,перемещения, приходы и возвраты приходов
Бухгалтерия нужна для ведения полного учета
Нужно считать торговую наценку но как считать чтоб сошлось с кфс непонятно

сейчас в кфс не по средне не по фифо учет не назовешь
продается номенклатура под определенной серией со своей наценкой и при этом в любом порядке

2) Всмысле оставлять как есть? вы имеете ввиду заводить несколько позиций номенклатуры? (товар 1 серия 1 )

обмен как раз и буду писать.
а тогда будет правильно наценка считаться или нет?
у меня в принципе при выгрузки можно и сумы закупки и продажи вытащить